Phase 2 · 2013–2015
アベンジャーズ後の世界。各ヒーローが試練に直面する。
スーパーヒーローで編成された部隊アベンジャーズの一員として戦い、地球と人類を滅亡の危機から救ったアイアンマンことトニー・スターク。だが、アメリカ政府はスーパーヒーローが国の防衛を担うことを危険視するようになり、それを契機に彼はアイアンマンの新型スーツを開発することに没頭していく。そんな中、正体不明の敵によってスターク邸が破壊され、これまでのアイアンマンが全て爆破されてしまう。何もかも失ったスタークだが、人並み外れた頭脳を武器に孤独な戦いに挑む。
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アベンジャーズの一員として、ソーがニューヨークで激闘を繰り広げてから1年。ロンドンで謎の重力異常が起き、その調査を天文物理学者ジェーンが行うことに。しかし、その過程で地球の存亡を左右するダークエルフのパワーを宿してしまう。愛する彼女を救うすべを探ろうと、ソーは彼女を連れて神々の世界アスガルドへと向かうが、それが家族や故郷にも危機をもたらしてしまう。窮地に陥った彼は、血のつながらない弟ロキに助けを求める。
アベンジャーズのメンバーとして戦ってから2年、キャプテン・アメリカはS.H.I.E.L.D.の一員として活動していた。ある日、キャプテン・アメリカとブラック・ウィドウを世界屈指の暗殺者ウィンター・ソルジャーが襲撃。さらにウィンター・ソルジャーの正体は、キャプテン・アメリカの親友で第2次世界大戦で亡くなったバッキー・バーンズで……。
自らスター・ロードと名乗るトレジャーハンターのピーター・クイル。ピーターは無限の力を持つパワーストーンのオーブを入手するものの、その後逮捕され刑務所にぶち込まれてしまう。ピーターは天才メカニックのロケットら刑務所で出会った仲間と脱獄するも、オーブの力で宇宙を滅亡させようとする強大な悪と戦うこととなる。
アイアンマンことトニー・スタークが完成させた人工知能「ウルトロン」の暴走に端を発する、ヒーローたちによる愛する者たちを救うための戦いをダイナミックに描く。人類の危機的状況を何度も打破してきたアイアンマンことトニー・スタークは、平和維持システムとしての人工知能「ウルトロン」を誕生させる。人類を脅威から守るために完成させたウルトロンであったが、平和を脅かす唯一の存在は人類だと結論付け、抹消しようとする。
仕事や人間関係がうまくいかず、頑張ろうとすればするほど空回りしてしまうスコット・ラング。別れた妻が引き取った娘の養育費も用意することができず、人生の崖っぷちに立たされた彼のもとにある仕事が舞い込んでくる。それは肉体をわずか1.5センチに縮小できる特殊なスーツをまとい、正義の味方アントマンになるというものだった。スーツを着用した彼は、ヒーローとして活躍するために過酷なトレーニングを重ねていく。