Sony Pictures (SSU)

幼くして両親を亡くし、伯父夫婦のもとで大切に育てられたピーター。高校3年生となった彼は、6歳の頃からずっと思いつづけている隣家のメリー・ジェーンに未だに打ち明けることができないちょっと冴えない高校生。ある日ピーターは親友のハリーから彼の父親ノーマン・オズボーンを紹介される。ノーマンは巨大軍需企業オズコープ社の経営者にして天才科学者。ノーマンはピーターの科学の才能を高く評価、彼に目を掛けるようになる。そんなピーターは、大学の研究所を見学した際、遺伝子組み換えでスーパースパイダーとなったクモに刺されてしまう。その瞬間、ピーターの身体に異変が起こり始める。

ニューヨーク。高校生ピーターはクモのようなパワーを持つ正義のヒーロー、スパイダーマンでもあるが、恋人グウェンの亡き父親と交わした「彼女を危険に巻き込まないよう別れる」という約束を果たせずに悩む。そのころ町では孤独な男性マックスが勝手に自分がスパイダーマンのパートナーだと思い込む一方、ピーターの旧友ハリーの父親が総帥を務める巨大企業「オズコープ」がなぜかずっとピーターを監視していた事実が分かる。

ニューヨーク。今やニューヨークのアイコンとして、市民に愛される存在となったスパイダーマン。その正体であるピーター・パーカーも学業の傍らで愛するメリー・ジェーン・ワトソン（MJ）との交際を続け、順風満帆な日々を過ごしていた。MJも女優としての活動を続けており、ついに念願のブロードウェイ・デビューを果たすまでに。ピーターはMJへのプロポーズを決意し、メイおばさんにその事を打ち明けた。「MJを幸せにする」と言うピーターに、おばさんは亡きベンおじさんがくれた婚約指輪をそっと託すのだった。

両親を亡くし叔父のベンと叔母のメイの許で育てられたピーターは、ある日自分の父親が残したバッグに隠された資料をみつける。父について知りたいピーターは父の研究者仲間だったコナーズ博士に近づき博士の授業に参加する。しかし単独で行動し侵入した部屋で遺伝子の組みかえられたクモに刺され、博士の下で勉強している同級生のグウェンに追い出される。その帰りの電車の中でピーターは驚異的な力に目覚める。

スパイダーマンとしてニューヨークの平和を守り、グウェンとの関係も好調なピーター。だが、旧友のハリー・オズボーンがニューヨークに戻ってきたのを機に、充足していた生活が微妙に変化していく。そんな折、サイ型パワードスーツを装着したライノ、人間発電機エレクトロという敵が出現。苦闘を強いられる中、追い打ちをかけるように怪人グリーン・ゴブリンとなったハリーが襲い掛かってくる。

スパイダーマンことピーター・パーカーの突然の訃報により、ニューヨーク市民は悲しみに包まれる。13歳のマイルス・モラレスもその一人──彼こそがピーターの後を継ぐ「新生スパイダーマン」だが、その力を未だに上手くコントロール出来ずにいた。そんなある日、何者かにより時空が歪められる大事故が起こる。その天地を揺るがす激しい衝撃により歪められた時空から集められたのは、スパイダー・グウェン、スパイダーマン・ノワール、スパイダー・ハム、そしてペニー・パーカーと彼女が操るパワードスーツ。彼らは全く別の次元＝ユニバースで活躍する様々なスパイダーマン達だった。

新たにスパイダーマンを継承した高校生のマイルズは、愛する人と世界を同時に救えないという事実にあらがって両方とも守り抜くと誓い、仲間と対立する。