20th Century Fox

200X年。人類は新たな「差別法案」の立法化を目指していた。それはDNAの突然変異により超人的なパワーを持つ進化した人類＝ミュータントを社会から合法的に迫害するものだった。人類との共存を目指すプロフェッサーX率いるミュータント集団X-MENは、人類の滅亡をもくろみテロ活動を企てるマグニートーたちと全面対決に突入していく！

プロフェッサーX率いるX-MENは、人類抹殺計画を企てたマグニートー一味を倒し、マグニートーを牢獄に幽閉。人間との共存による平和が訪れるかに思われた。しかし、人類のミュータントに対する偏見や嫌悪はやがてX-MENたちにも向けられていく。そんな時、謎のミュータントによる大統領暗殺未遂事件が発生する。これにより、人類はミュータントの脅威に改めて恐れおののき、反ミュータント運動を加速させる結果となる。そして、その運動の先頭には、ミュータントへの生体実験を噂される元陸軍司令官で大富豪のストライカーがいた。

時は20年前。ジーン・グレイは、プロフェッサーXに底知れない能力を見出され、それを操るべく「恵まれし者の学園」に彼女の居場所を与えた。その10年後、とある大企業の社長の息子が思春期を迎え背中に翼が生え始めた。社長、ワージントンは、息子を普通の人間に戻そうとミュータント治療薬「キュア」を作り上げた。果たしてミュータントであることは病気なのか。ミュータント達の蟠りとマグニートーの作為が人類とミュータントの戦争を起こそうとしていた。

ミュータントとして生まれたローガンは、少年時代にその能力が覚醒し以来、人としての幸せを捨て、幾多の戦争に身を投じて生きてきた。ケイラという女性と出会い、初めて人間として生きる喜びを知るが、ローガンの兄ビクターの手によって彼女は殺されてしまう。兄を倒すため謎の巨大組織と取引したローガンは、最強の戦士となるべく、超金属アダマンチウムを全身の骨に移植する改造手術をうけ、ウルヴァリンという名の人間兵器に生まれ変わる。

国際情勢が緊迫する1960年代、強力なテレパシー能力を持つ青年チャールズが、金属を自在に操れるエリックとめぐり合う。ミュータントとして人類と闘うべきか共存すべきか、異なる信念を抱きながらも友情を深めたふたりは、世界各地のミュータントを仲間に迎え入れていく。しかし戦時中にエリックの母親を殺した元ナチスの科学者ショウが、ミュータント集団ヘルファイヤークラブを結成。やがてショウが悪魔のごとき計画を実行に移したとき、チャールズとエリックはその野望の阻止に挑むが、過酷な運命は彼らの絆を引き裂き、人類との共存か支配か、という正反対の道へと導いていくのだった……。

カナダで人目を避けるように暮らすウルヴァリンことローガンは、以前命を救ったことのある日本人実業家・矢志田からの願いで、彼の部下ユキオと共に日本へと向かう。不敵なまなざしを向ける矢志田の息子シンゲンに迎えられ、病身の矢志田と再会したローガンは彼から謎めいた言葉を告げられる。ほどなくして亡くなった矢志田の葬儀が執り行われるが、そこをギャングたちが襲撃。ローガンは矢志田の孫娘・マリコを連れ、その混乱から逃げ出す。

2023年、バイオメカニカル・ロボット「センチネル」によって地球は壊滅へと向かっていた。プロフェッサーXは宿敵のマグニートーと手を組み、1973年にウルヴァリンの「魂」を送り込み危機の根源を絶とうとする。50年前の自分の肉体に宿り「センチネル・プログラム」の開発を阻止しようとするウルヴァリン。しかしその間も、2023年では暴走するセンチネルの過酷な攻撃で、地球滅亡へのカウントダウンが進んでいた。2023年と1973年。2つの時代が同時進行する激しいバトルは、想像を絶する結末へと向かう――。

1983年。文明が誕生する前から神として君臨していた、ミュータントの始祖でもあるアポカリプスが、突如として長い眠りから覚醒する。数千年ぶりに目にした人間とその文明が、誤った方向に進んでしまったと考えた彼は新しい秩序が必要だと判断。マグニートーなど、4人のミュータントを率いる。彼の存在と考えを知ったプロフェッサーXは、ミスティークらと共にその行動の阻止に挑む。

2029年、この25年間で新たなミュータントは生まれておらず、彼らの存在は絶滅の危機に瀕している。かつて「ウルヴァリン」の名で知られていたローガンことジェームズ・ハウレットはテキサス州で運転手として働き、メキシコ国境の向かい側に位置する放棄された製錬工場でキャリバンやチャールズ・エグゼビアと共に暮らしていた。ある日、ローガンはガブリエラ・ロペスから、ローラという名の11歳の少女をノースダコタ州にある「エデン」まで送り届けて欲しいという依頼を受ける。

特別な能力を持つミュータントたちが人類を守ろうと戦いを続けてきたチームX－MEN。だが、宇宙で起きたある事故を解決するためのミッションで、X－MENの女性メンバー、ジーンは謎の熱放射を浴びた結果、彼女の中で悪の人格ダーク・フェニックスが覚醒してしまい、彼女は人類全体を絶滅させかねないほど危険な存在になっていく。X－MENの指導者プロフェッサーXはジーンを窮地から救おうとする。

意思に反して秘密施設に収容され、自分たちの能力に気づいたばかりの5人の若いミュータントが、過去の罪から逃れ、自分たちを救うために戦う。

ウェイド・ウィルソンは、以前は優秀な特殊部隊の傭兵として活躍していたが、今は悪者を気まぐれに痛めつけては金を稼いでいる。すっかり正義のヒーロー気取りの彼は恋人との結婚も決まり幸福の絶頂にあったが、いきなり末期ガンだと診断される。とある組織にガンを根治できると聞いたウェイドは、彼らに同行して人体実験を受ける。

最愛の恋人ヴァネッサを取り戻し、お気楽な日々を送るデッドプールの前に、未来からやってきたマシーン人間のケーブルが現れる。ヴァネッサの希望を受けて良い人間になることを決意したデッドプールは、ケーブルが命を狙う謎の力を秘めた少年を守るため、特殊能力をもったメンバーを集めたスペシャルチーム「Xフォース」を結成する。

天才科学者のリチャーズは、元恋人のスー、スーの弟でパイロットのジョニー、そして親友のベンとともに、宇宙に出て実験を行うことになった。だが事故により宇宙線を浴びて4人とも超能力を得てしまう。彼らはこの力を世のために役立てようと考え、スーパーヒーローチーム「ファンタスティック・フォー」を結成する。

ある日、世界中で連続的な怪現象が発生した。日本では駿河湾が凍り付き、エジプトでは突然の吹雪。さらにロサンゼルスでは大停電が起こった。しかし、アメリカ国民はそのニュース以上に「ファンタスティック・フォー（FF）」のビッグなカップル、リードとスーの結婚の話題で盛り上がっていた。世界各地で起こる怪現象に興味をそそられながらも、愛するスーのために平静を装うリード。リードを見かねたジョニーは、ベンと共にリードのバチェラー・パーティーを開いた。そんな彼に米軍のヘイガー将軍から謎の閃光の調査依頼が下る。

天才的な才能を持つリード、彼の相棒ベン、科学者の養女スーとその弟ジョニーは、人類の未来を左右する研究に参加。研究の末に完成した物質転送装置で異次元空間プラネット・ゼロへのテレポートに挑むが、想定外の事故に巻き込まれ超人的パワーを宿してしまう。一方、事故により行方不明になっていたビクターは、彼らのパワーを上回る能力を得ていた。